1926-1936 m. sklype Nemuno g. 12 veikė senoji Kauno autobusų stotis. 1936 metais perkėlus ją į naują tinkamesnę ir erdvesnę vietą, šiame sklype Kauno miesto savivaldybė nusprendė statyti pradinę mokyklą, kurios projektą 1937 m. parengė architektas Stasys Kudokas (1898-1988).
1938 metais atidaryta nauja Kauno miesto lėšomis statyta mokykla. Po antrojo pasaulinio karo šiame pastate buvo atidaryta 11-oji vidurinė mokykla, skirta rusakalbiams vaikams. Sumažėjus rusakalbių mokinių skaičiui 1994 m. rugpjūčio 1 d. įkurta Kauno Senamiesčio pradinė mokykla. Per vieną mėnesį apleistas ir niūrus pastatas buvo suremontuotas ir paruoštas darbui. Pirmaisiais metais duris atvėrė 14 klasių, kuriose mokėsi beveik 400 mokinių.
2008 metais mokykla tapo pagrindine ir joje pradėjo mokytis penktų klasių mokiniai. Nuo 2011 metų rugsėjo 1 dienos esame progimnazija. Mūsų 1-5 klasių mokiniai mokosi progimnazijos pastate, o 6-8 klasių mokiniai „Aušros“ gimnazijos patalpose. 1994 -2016 metais mokyklai vadovavo direktorė Nijolė Vitkauskienė, o nuo 2017 iki 2020 metų direktorė Gita Levickienė. Šiuo metu progimnazijai vadovauja direktorė Loreta Levanauskienė.
.
